法院档案扫描可以存储在以下几种方式中：

1. 云存储：将扫描的档案上传至云端网络硬盘，例如百度云、腾讯云、阿里云等，以便随时随地访问和使用，并实现数据备份和保密。

2. 本地存储：将扫描的档案保存在计算机或移动存储设备中，如U盘、硬盘、SD卡等，以方便办公室内部使用。需要注意备份和安全保护。

3. 打印输出：将扫描的档案通过打印机打印成纸质版本，以便于传统档案管理，但这种方式不利于长期保存和检索。

无论选择何种方式存储扫描档案，都需要注意数据备份和安全保护，以避免数据丢失和泄露。同时，需要建立文件名规范和目录结构，方便后续的查询和管理。