淮南公证档案数字化系统软件公司有：

1. 安徽三联软件股份：该公司开发的“档案综合管理平台”是集档案资料数字化、信息化的平台，可将纸质档案进行信息化管理，并通过扫描技术实现全文检索，方便快捷。
2. 安徽古塔公证档案管理：该公司专门提供古塔公证档案数字化服务，服务范围包括公证档案数字化、整理装订、加密、盖章以及后续的数字化借阅服务。

建议根据实际需求选择合适的公司进行咨询。