在使用档案扫描仪进行扫描时，可以根据需要设置纸张大小。具体步骤如下：

1. 打开扫描仪软件，在扫描设置中找到“纸张大小”选项；

2. 选择或手动输入所需的纸张大小，例如A4、Letter等；

3. 如果需要自定义纸张大小，可以点击“自定义”选项，并输入纸张的宽度和高度；

4. 点击“确定”保存设置后，就可以开始进行扫描了。

需要注意的是，不同型号的扫描仪可能设置方法略有差异，可以参考相应的产品说明书或向厂商咨询。同时，为了获得更好的扫描效果，建议选择与纸张大小相匹配的分辨率和色彩模式。