海口合同档案数字化系统软件的公司有：

1. 海口网锐信息科技工作室：提供合同档案数字化系统软件、电子档案管理系统软件、数字化加工合同管理软件等。
2. 海口晨晨科技：提供档案管理软件、数字化加工软件等。
3. 海口市美兰区海甸街道邓卫信息咨询服务部：提供档案数字化管理软件、档案资料数字化加工服务。

以上信息排名不分先后，仅供参考。请注意，在选择公司时，要确保公司的信誉和口碑，以便获得优质的服务。