济宁纸质档案扫描数字化系统软件可以使用档案数字化处理工具、档案影像化处理工具等。这些软件可以将纸质档案转化为电子档案，方便存储、管理、查询和传输。具体选择哪一款软件，可以根据实际需求和操作习惯进行考虑。