济宁纸质档案扫描数字化系统软件公司有：

1. 山东思创易安信息科技。
2. 济宁通达数字化科技。
3. 山东金质信息科技济宁分公司。

以上公司都是提供纸质档案扫描数字化系统软件服务的公司，建议您根据自身需求选择合适的企业。