毕业扫描档案的流程通常包括以下几个步骤：

1. 准备工作：对需要扫描的档案进行分类整理，确保每份档案都清晰可辨。

2. 扫描：使用扫描仪进行扫描，将档案转换为电子文档。可以选择单面或双面扫描，以及不同的分辨率和文件格式。

3. 确认：确认每份扫描档案是否质量良好，包括清晰度、色彩还原度等。

4. 存储：将扫描档案保存到计算机或云端存储中，并按照一定的命名规则进行命名和分类管理。

5. 备份：进行数据备份，以防意外损失。

6. 销毁原始档案：在确认扫描档案无误后，可以对原始档案进行销毁处理，释放空间。

7. 档案归档：根据实际需要，对扫描档案进行归档管理。