焦作市从事纸质档案数字化系统软件的公司有：

* 焦作市创羿信息科技，其经营范围包括纸质档案数字化加工、档案整理、档案数字化管理。
* 焦作市云之讯网络科技，其经营范围包括纸质档案数字化加工、软件开发、信息技术服务。

此外，焦作市创辉档案管理也涉及纸质档案数字化业务。在选择合作公司时，请确认该公司是否具有相关资质，确保合作安全可靠。