滁州工程档案数字化系统软件公司有：

1. 安徽三和档案科技：该公司提供的档案数字化加工服务，可以帮助建设工程项目公司，实现从纸质档案资料到电子版档案的转换。
2. 安徽辉图信息科技：该公司是一家以BIM建筑信息模型（土建类）为核心的信息技术公司，提供档案数字化服务，主要服务项目包括各种建筑图纸的数字化加工。

建议根据具体工程项目需求，选择适合的公司进行合作。