淮南纸质档案数字化系统软件公司有：

1. 安徽安企数字科技。该公司专注于纸质档案数字化加工SaaS软件、智慧档案管理SaaS软件、全生命周期数字化管理SaaS软件研发、生产与销售一体化的高新技术企业。
2. 淮南市鑫锐档案管理。该公司专业从事纸质档案数字化处理，提供全套档案数字化加工管理软件。

建议根据实际需求选择合适的公司进行咨询。