淮南市档案扫描数字化系统软件公司有：

1. 安徽盛世卓联科技：该公司是淮南市档案数字化项目指定服务商，提供档案数字化代加工、档案管理咨询、档案管理软件等服务。
2. 淮南市亿达信息科技：该公司提供档案数字化服务，包括各种档案的扫描、整理、装订、消毒、移交回库等，同时提供电子病历系统开发、数据审核、整理装订、数据备份、系统培训、数据异地备份、回流等服务。

建议根据实际需求选择合适的服务商。