海口纸质档案数字化系统软件的公司有：

1. 海南云程科技：该公司是一家专业从事档案管理数字化建设、电子化扫描、数字化加工、档案软件销售等业务的公司。
2. 海南信立档案管理服务：该公司提供纸质档案数字化管理方案、档案数字化加工、档案整理、档案销毁、档案运输等服务。
3. 海口市优速档案管理：该公司的服务包括纸质档案数字化，数字化加工，档案整理，档案扫描等。

以上公司都专业从事纸质档案数字化服务，具有丰富的行业经验，先进的数字化设备和技术，能够为客户提供优质的服务。具体公司信息建议在该公司官网上查询，或者咨询专业的档案管理专家以获取最准确的信息。