海口工商档案数字化系统软件公司有：

1. 海南威盾信息科技：该公司是一家专注于工商财税领域的互联网+服务企业，致力于为客户提供高效、专业的工商财税一体化服务。
2. 海南云显科技：该公司是一家以技术研发为主导，专注于工商档案数字化技术服务的公司。
3. 海南农信易卡科技：该公司提供基于工商档案数字化管理系统的服务。

此外，还有海南瑞图信息技术、海南联图数据科技、海南顶呱呱电子商务等公司也提供工商档案数字化系统软件服务。请注意，以上公司排名不分先后，仅供参考。