济宁电子档案数字化系统软件公司有：

1. 济宁金思维科技股份：该公司是集数字档案馆建设产品研发、系统集成、数字资源服务于一体的高新技术企业。
2. 山东安图电子：该公司是一家专业从事电子产品研发、生产和销售的高新技术公司，其产品涉及档案数字化、智能化档案库房建设。
3. 济宁鲁兴信息科技：该公司主要提供档案数字化、档案软件开发、数字化加工、监控设备安装等服务。

建议根据实际需求选择合适的企业进行咨询。