济宁文书档案数字化系统软件公司有：

1. 山东亿维网络：其产品包括档案数字化加工管理系统、数字化文件管理系统、电子签章系统等，是一家专业从事数字化档案整理、数字化档案扫描、数字化档案质检、数字化档案入库、档案管理系统平台建设等全流程服务的公司。
2. 济宁壹维空间信息技术：其提供专业的数字化技术服务，包括各种图像处理软件、三维扫描技术服务软件等，同时还可以进行各类图纸的扫描、整理、装订服务。

此外，还有山东易智瑞信息技术、济宁启智信息技术等。建议根据需要选择适合的公司咨询。