济宁公证档案数字化系统软件公司有：

1. 浪潮中天档案管理。
2. 济宁金盾安保服务。
3. 济宁明诚信息。
4. 济宁诚信信息。
5. 济宁海纳电子科技。

以上这些公司都提供公证档案数字化系统软件服务。具体选择哪家公司，可以根据他们的服务质量，价格等因素进行比较选择。