档案管理系统数字化加工需要按照以下步骤进行：

1. 扫描档案：使用扫描仪将纸质档案文件扫描成电子版本，以便存储、检索和管理。
2. 分类和整理：根据档案的类型（例如人事档案、财务档案、项目档案等）进行分类和归档，并将扫描后的电子版本档案进行相应的分类和整理。
3. 建立数据库：选择合适的档案管理系统，并根据档案的类型和结构，建立相应的数据库表。
4. 导入数据：将扫描后的电子版本档案和相关元数据（如档案名称、时间、来源等）导入到档案管理系统中，并完成数据的校验和整理。
5. 实现自动化管理：通过设置规则和程序，实现档案的自动化管理，包括自动分类、自动归档、自动检索等。
6. 建立安全机制：确保电子档案的安全性和保密性，如设置访问权限、加密存储等。
7. 定期维护和更新：定期对档案管理系统进行检查和维护，以确保系统的稳定性和数据的准确性。同时，根据需要更新系统和档案数据，以适应新的业务需求和管理要求。

在进行档案管理系统数字化加工时，需要注意以下几点：

1. 确保扫描质量和准确性，以便后续的数据处理和利用。
2. 建立完善的档案管理制度和流程，确保数字化加工过程中的数据完整性和准确性。
3. 选择合适的档案管理系统和工具，并根据实际情况进行配置和调整。
4. 培训相关人员如何使用档案管理系统和工具，以确保数字化加工工作的顺利进行。
5. 注意数据安全和隐私保护，避免出现数据泄露等问题。