新疆档案管理系统公司有：

1. 新疆源信科技：提供电子档案管理系统、电子文档中心建设、数字化加工整理、数据录入、数据备份、数据安全等服务。
2. 新疆通达信达软件：专业从事档案管理软件开发、销售、咨询服务的专业型档案软件公司，是新疆档案管理软件的龙头企业。
3. 新疆铭成信息科技，主要提供电子档案管理系统、档案软件、软件定制开发等服务。

此外，新疆中康信息科技股份、新疆思维科技信息、新疆智建科技等公司也提供新疆档案管理系统服务。建议您根据您的需求来选择合适的新疆档案管理系统公司。