拉萨市档案数字化加工系统软件公司有：

1. 西藏新联谊档案信息技术：该公司是专门从事档案信息化和数字化技术服务的高新技术企业，提供档案信息化和数字化整体解决方案，包括档案数字化处理、数据建设、档案管理系统导入等。
2. 北京慧点信通科技：该公司是一家专业从事档案信息化管理软件开发和系统集成的高科技企业，其产品包括档案管理系统、数字化加工系统等。

以上公司都有档案数字化加工的相关服务，您可以根据自身需要进一步了解和选择。