德州海关档案数字化系统软件公司有：

1. 山东金鼎科技：该公司主营数字化加工、信息化建设、安全保护，产品与服务涵盖纸质档案数字化、图像处理、数据修复、档案整理、系统集成、安防工程等领域。
2. 山东元聚信息技术：该公司是一家专门从事数字化档案业务、档案管理系统实施及软件研发的高科技企业。

此外，德州中盾科技、山东冠洲信息科技等也提供德州海关档案数字化系统软件服务。以上公司仅供参考，建议询问相关工作人员或查询公司官网以获取具体信息。