常州档案数字化加工系统软件公司有：

1. 常州市海博档案管理：该公司主要经营档案数字化加工服务，并开发出了海博档案数字化管理系统。
2. 常州市九思档案管理：该公司集档案管理软件研发、数字化加工、档案整理、档案库房建设等业务于一体。
3. 常州市百瑞信息系统：该公司主要提供档案数字化加工系统、瑞合法务助手、合同管理系统、进销存管理系统等软件。

以上公司都是常州的知名档案数字化加工系统软件公司，您可以根据您的需求选择合适的公司。