常州市档案数字化系统软件的公司有：

1. 常州数智档案管理服务：该公司专注于数字档案的收集、整理、保管、利用等环节，提供档案数字化加工服务。
2. 常州信息职业技术学院智能档案室服务中心：该服务中心采用先进的档案管理软件，提供档案数字化加工、档案整理、档案寄存等服务。
3. 常州信诚信息技术：该公司提供数字化档案管理软件、电子文件管理软件及纸质档案数字化加工等业务。

以上公司均在提供档案数字化系统软件服务，建议根据实际需求选择。