巢湖市纸质档案数字化系统软件公司有：

1. 安徽四维档案管理。
2. 安徽铭域信息科技。
3. 合肥市庐江县龙桥镇档案管理中心。
4. 合肥市瑶海区档案馆。
5. 安徽博泰档案整理。
6. 合肥市包河区皖都档案服务部。
7. 合肥市蜀山区档案馆。
8. 安徽金盾电子警察系统。
9. 合肥市庐阳区档案馆。

这些公司都提供纸质档案数字化系统软件的服务，建议您可以先咨询一下，看哪家公司更符合您的需求。