巢湖档案数字化加工系统软件公司有：

1. 安徽数联软件。
2. 合肥云之龙信息科技。
3. 安徽九牛信息科技股份。

此外，还有安徽佳创数据科技等公司也可以提供档案数字化加工系统软件。以上排名不分先后，具体信息请咨询公司官网，以获取更准确的信息。