巢湖扶贫档案数字化系统软件的公司有：

1. 安徽诺达信息科技：该公司经营范围包括计算机信息科技领域内的技术开发等。
2. 合肥高新区艾普工谷信息科技：经营范围包括计算机信息科技领域内的技术开发等。

以上两家公司都有开发扶贫档案数字化系统软件的能力，您可以根据实际情况选择合适的公司进行咨询。