巢湖工程档案扫描数字化系统软件公司有：

1. 新拓意电子：该公司开发的档案管理软件在业界有着良好的口碑，其产品包括数字化档案管理软件、档案数字化加工系统等，可实现档案的自动编号、快速扫描、上传、检索等功能。
2. 中建信息技术：该公司开发了一系列档案管理软件，包括工程档案数字化管理系统、建筑企业数字档案系统等，可实现档案的批量扫描、图像处理、借阅管理等功能。
3. 信诚数据科技：该公司的档案管理软件可实现档案的批量扫描、图像处理、编目、检索等功能，适用于各种规模的工程档案数字化加工项目。

此外，还有一些其他的档案管理软件公司，如中科档案管理等。具体选择哪家公司，需要根据项目的具体需求和预算等因素进行综合考虑。