公安扶贫档案扫描数字化系统软件的选择需要考虑以下几个方面：

1. 扫描和识别功能：系统需要具备高效的扫描功能以及能够对扫描文件进行文字识别和索引，以便进行后续的数字化管理。

2. 安全性和隐私保护：考虑系统的数据加密、权限管理、以及安全审计功能，以确保扶贫档案中的敏感信息得到妥善保护。

3. 数据管理和查询：系统需要具备完善的档案管理功能，包括分类存储、检索和查询等，以满足不同查询需求。

4. 兼容性和数据导入导出：确认系统能够与公安部门已有的系统进行对接，或者支持常用数据格式的导入导出，以便实现数据共享和集成。

5. 用户友好性和培训支持：选择具有良好用户体验和易用性的系统，并提供相应的培训支持，以便员工快速上手并充分利用系统的功能。

6. 费用和维护：除了软件本身的费用，还要考虑后续的维护和升级等方面的费用，并结合实际需求选择合适的软件。

鉴于公安系统对安全和管理的特殊需求，建议根据具体的情况，可能需要考虑定制开发或者选择安全性高、稳定性强的专业软件供应商。最后的选择需要结合具体的业务需求、预算和实际情况来进行综合评估。