对于亳州基建档案数字化系统软件的选择，通常应考虑以下因素：

1. 功能需求：系统应满足数字化扫描、存储、检索、共享等基建档案管理的核心功能，而且应具备安全性和可靠性。

2. 技术支持：选择有稳定技术支持团队的软件公司，确保在使用过程中有可靠的支持和解决问题的渠道。

3. 安全性：基建档案对隐私和保密性要求较高，系统需要有健全的权限管理和数据加密功能。

4. 用户体验：易用性与用户界面友好度也是重要考量因素。

5. 与现有系统集成：如果有现有的IT系统，需要考虑新购软件的集成性能。

6. 成本：考虑软件的采购成本、维护成本和升级成本。

多数情况下，最佳做法是联系专业基建档案数字化软件公司，通过咨询获得解决方案，包括软件、硬件以及服务支持，并在此基础上进行选择。