1. 数据安全问题：数字化档案容易被黑客攻击、病毒感染或发生数据泄露等问题，对机密性要求高的档案尤其需要注意。

2. 成本问题：数字化档案需要投入大量的设备、技术和人力资源，成本较高。同时，在长期保存过程中，还需要不断升级设备和软件，增加了维护成本。

3. 格式兼容问题：由于数字化档案使用的格式多种多样，兼容性也存在一定问题，可能导致档案无法正常访问或储存。

4. 可信度问题：数字化档案容易被篡改、伪造或损坏，特别是在涉及到重要证据的情况下，需要对文件进行数字签名等保障措施以确保可信度。

5. 影响历史传承问题：数字化档案虽然方便了信息的传递和管理，但是如果不加以规范和管理，可能会影响历史文化传承，甚至丢失很多珍贵的历史资料。