扫描档案对人体的缺点包括：

1. 辐射：扫描仪发出的电磁波辐射会对人体产生一定的影响，特别是长期接触会增加患癌症和其他疾病的风险。

2. 眼睛损伤：如果在扫描过程中直接盯着扫描光线或者屏幕看会对眼睛造成伤害。

3. 头晕、恶心等不适：扫描时需要保持固定的位置和姿势，可能会导致头晕、恶心等不适症状。

4. 花费高昂：扫描设备价格昂贵，一次扫描也需要花费大量的金钱。

5. 不利于隐私保护：扫描档案可能包含个人敏感信息，如姓名、地址、病历等，如果不妥善保管，有可能被非法获取或滥用。