档案扫描三级目录是指将档案资料按照一定的分类方式进行整理和归档，其中三级目录指的是以三级层次来进行分类，即主目录下设立两个子目录，每个子目录又分别设置若干个子目录。例如，以公司档案为例，主目录可以是“财务部”，其下面的两个子目录可以是“收入支出”和“报表统计”，每个子目录再根据具体内容设置相应的子目录。这种三级目录分类方式可以更加清晰地展现档案的层次结构和内容分类，方便查询和管理。