工程档案扫描编号可以按照以下步骤进行：

1. 确定扫描的工程档案分类，例如建筑图纸、设计方案等。

2. 给每类档案分配一个编号前缀，例如建筑图纸可以用“BD”作为前缀，设计方案可以用“SJ”作为前缀。

3. 使用数字或字母来组成唯一的编号，例如BD001、BD002等。

4. 每个档案都应该有一个独立的编号，并标注于档案上。

5. 在档案管理系统中记录每个档案的编号和相关信息，以便随时查找和管理。

6. 对于多页的档案，可以在编号后添加一个“-1”、“-2”等序号来表示页数。

7. 所有档案的编号应该保持统一，方便管理和查找。