如果您在档案扫描后发现某些文件被替换了，可以尝试以下步骤：

1. 检查备份：如果您之前对这些文件进行过备份，可以从备份中找回被替换的文件。

2. 恢复上一个版本：如果您使用的是Windows系统，可以右键点击被替换的文件，选择“属性”->“版本”选项卡，然后选择之前的版本进行恢复。

3. 使用恢复软件：您可以使用一些数据恢复软件，如Recuva、EaseUS Data Recovery等，在电脑硬盘中搜索被替换的文件，尝试进行恢复。

4. 找回原始文件：如果您知道被替换的文件来自哪个文件夹或应用程序，可以尝试找回原始文件并重新覆盖到被替换的文件上。

请注意，在进行任何操作前，请先确保对数据进行备份，以免误操作导致数据丢失。