焦作行政档案数字化系统软件公司有：

1. 郑州卓越档案数字化管理：该公司是一家专业的档案数字化管理公司，专注于各类档案的数字化、整理、储存、销毁等一站式档案管理服务。
2. 焦作市恒企软件：该公司是一家专业从事企业管理软件销售及服务于一体的高新技术公司。
3. 焦作市致远档案数字化：该公司是一家专业从事档案数字化管理、档案管理软件销售及服务为一体的现代化企业。

以上公司都有一定的实力和口碑，可以根据您的具体需求和预算来选择合适的企业。