焦作市从事纸质档案扫描数字化系统软件的公司有：

1. 焦作市博宇科技，该公司专业从事数字化加工、纸质档案数字化管理服务，拥有优秀的专业技术团队，完善的设备，为客户提供全方位的数字化加工服务。
2. 武陟县众诚档案数字化加工服务部，提供档案数字化加工服务，以及整理、装订、扫描、录入等服务。

建议根据实际需求选择合适的一家。