焦作市档案馆使用的档案管理软件是“档案管理系统软件”。该软件是焦作市档案局和北京数码大方科技联合开发，用于实现档案的接收、整理、鉴定、保管、利用和统计等全过程的计算机管理。

该软件具有方便快捷的查找功能，可以实现多种条件的组合查询，并可以将查询结果输出到电脑磁盘或U盘里，安全性能高，可以保护档案信息不被非法删除。同时，该软件系统集成了档案管理系统、库房管理子系统和全文管理子系统，可以实现对档案的自动化管理、库房信息的实时统计，并提供了电子签章和审批流程，实现了电子档案的签章和查阅审批。

焦作市各区县的档案管理软件可能有所不同，如果您需要更具体的信息，建议您咨询焦作市档案馆或当地档案局。