滁州纸质档案数字化系统软件公司有：

* 安徽信诚图档科技。该公司是一家专门从事纸质档案数字化加工、电子档案整理、归档的专业公司。
* 安徽三和档案技术。这是一家专业从事纸质档案数字化、电子文件光盘备份、电子政务信息资源目录制定、电子政务信息资源共享服务、涉密信息系统集成资质认证的公司。

此外，还有滁州市金石信息科技公司等。这些公司都提供纸质档案数字化系统软件的服务。您可以根据您的需求，选择适合您的公司进行合作。