淮南市档案数字化系统软件公司有：

1. 淮南市金科信息技术：提供档案数字化系统软件，包括数字化加工处理、信息存储管理、档案检索查询等一体化解决方案。
2. 安徽九华山档案科技：提供档案管理数字化系统软件，包括档案管理系统、照片档案处理工具、档案库房环境监测等软件。
3. 淮南市合力信息技术：提供档案管理数字化系统软件开发和销售，以及计算机信息系统集成服务等。

以上公司均在淮南市设有档案数字化业务，可根据需求选择合适的一家。