淮南工商档案数字化系统软件公司有：

1. 安徽金算盘慧信档案服务：该公司是专业的档案数字化处理公司，提供淮南工商档案数字化、档案整理、档案数字化管理等服务。
2. 安徽地矿信息科技淮南分公司：该公司拥有先进的信息技术设备，专业从事淮南工商档案数字化、档案整理、档案信息化建设、数据加工等业务。
3. 淮南市金盾信息科技：该公司是一家集淮南工商档案数字化、档案管理软件开发和档案基础业务外包服务于一体的专业化公司。

以上公司都有较强的专业性，能够高效地完成淮南工商档案数字化工作。具体选择哪一家公司，您可以根据具体公司的服务价格、效率、质量以及合同规定等因素进行考虑。