海口档案数字化系统软件公司有：

1. 海南云帆科技：该公司是一家专业从事数字化技术开发应用的公司，提供数字化系统软件开发、系统集成、档案数字化加工等一体化服务。
2. 海南数之宝信息科技：该公司是一家专业的档案数字化加工公司，拥有先进的数字化加工设备和专业的人才队伍，提供各类档案的数字化加工服务。
3. 海南联软科技：该公司是一家以技术为主导的企业，专业提供数字化管理系统，包括档案管理、数字化加工、软件开发等一站式服务。

以上公司均在海口市运营或成立，具体选择哪家公司进行合作，您可以根据您的具体需求和公司实力进行综合考虑。