海口扶贫档案数字化系统软件的公司有：

* 海南政通科技股份。该公司是一家专门从事档案管理信息化、数字化和标准化服务的高新技术企业，提供集软件系统、硬件平台、档案采集、数据服务为一体的档案管理整体解决方案。
* 海南中电云智慧科技。该公司致力于大数据、物联网、人工智能等技术应用，结合海南本土优势，积极探索“互联网+扶贫”。

此外，海南农信创新科技、海南农夫智慧科技等公司也提供扶贫档案数字化系统软件。以上公司均可在海口市市场监督管理局查询到的合法经营信息。建议您根据实际需求进行选择。