海口合同档案扫描数字化系统软件公司有：

1. 海南信合企业管理：该公司是一家专业提供合同档案数字化服务的企业管理咨询公司，拥有专业的合同档案数字化软件系统，可以为企业提供合同档案数字化管理解决方案。
2. 海南云脉技术：该公司是一家专业提供档案管理数字化软件系统的公司，拥有自主研发的档案管理数字化平台，可以为企业提供合同档案数字化管理解决方案。

以上公司都是海口市合同档案数字化领域的专业公司，可以根据您的具体需求和预算来选择合适的合作公司。