济宁纸质档案数字化系统软件公司有：

1. 山东齐鲁仕数字科技。
2. 山东远大公文档案数字化。
3. 济宁信通电子科技。
4. 山东赛孚数字科技。
5. 济宁齐鲁鸿图信息咨询。

以上这些公司都提供纸质档案数字化系统软件服务，建议您根据自己的需求选择合适的一家。