济宁市档案数字化系统软件公司有：

1. 山东数独档案科技。
2. 山东正通档案数字化。
3. 山东德衡信息技术。
4. 济宁壹米市信息科技。
5. 山东铭科信息技术。

以上这些公司都提供档案数字化系统软件服务。具体选择哪一家公司，需要根据你的具体需求进行比较和筛选。