济宁市档案数字化系统软件可以使用档案管理软件，如易达档案管理系统、金蝶档案管理软件等。这些软件可以帮助管理档案资料，包括文件收集、档案整理、档案编目、档案检索、档案利用等环节，实现档案数字化管理的全过程。

此外，还可以使用电子表格软件如WPS表格来进行数据处理，或使用图片处理软件如PS来进行图片编辑。这些软件可以协助完成档案数据的录入、整理、存储和传输等工作，提高档案数字化处理的效率和质量。

同时，对于不同规模的企事业单位，还可以根据实际情况选择不同的档案管理软件，如小型企业可以选择操作简单、功能全面的档案管理软件，而大型企业则可以选择功能全面、可定制的档案管理软件。

总之，选择适合济宁市档案数字化系统的软件需要根据实际情况进行综合考虑，包括企事业单位规模、业务特点、人员素质等因素。同时，在选择软件时需要注意软件的合法性、安全性、稳定性等方面的问题，确保档案数字化系统的安全可靠。