济宁市档案扫描数字化加工系统软件公司有：

1. 山东润鑫档案科技：主营数字化加工、软件产品、档案用品销售。
2. 济宁金恒信息科技：专业从事数字化加工、软件开发、系统集成、信息安全等服务。
3. 济宁九和信息科技：主要经营档案数字化管理服务、档案用品销售等业务。

此外，济宁圣鑫信息咨询、济宁诚信信息科技、济宁九洲信息科技等也提供档案扫描数字化加工系统软件。以上公司均在合法注册范围内，可以提供档案数字化加工服务。