法院合同档案扫描数字化系统软件的选择需要考虑多种因素，包括系统功能、易用性、安全性、稳定性等。以下是一些可以考虑的软件：

1. Adobe Acrobat：Adobe Acrobat是一款强大的PDF处理软件，可以用于合同档案的扫描、识别、整理、分类等。它还提供了一些功能来编辑和标记PDF文件，这对于合同审查和管理非常有用。
2. ScanSnap扫描软件：这是富士通的一款专利扫描软件，用于扫描、整理和编辑文档。它以其高效率和易于使用而闻名，特别是在法院合同档案的数字化方面。
3. Aspose法律：Aspose是一款流行的文档处理软件，专门用于各种文档类型的保存和导出。Aspose法律模块专门用于处理法律文档，包括合同档案的扫描和数字化。
4. CA知识管理软件：这是一款基于云计算的知识管理平台，可帮助法院数字化合同档案。它提供了强大的搜索功能和分类工具，以方便检索和使用这些档案。

在选择合适的系统软件时，应考虑与现有系统的兼容性、技术支持以及费用等因素。您可以根据具体情况和需求来选择最合适的法院合同档案扫描数字化系统软件。在选择和使用任何软件时，请务必遵守相关许可协议和法律法规。