毕节市档案数字化系统软件公司有：

1. 贵州掌中宝信息技术：该公司提供的掌中宝数字化档案管理系统是一款专为档案管理领域打造的专业档案数字化管理软件，适合各类档案馆、图书馆以及企（事）业单位使用。
2. 贵州和创未来科技：该公司是一家集软件开发、软件定制、信息系统集成和大数据服务于一体的现代化科技企业，提供档案管理软件等信息化服务。
3. 贵州金农科技：该公司是一家从事农业科技、农产品交易、农产品溯源领域产品研发及服务推广的科技公司，提供档案管理软件等解决方案。

以上公司均在毕节市设有分支机构，您可以根据实际需求和地理位置进行选择。