毕节市档案扫描数字化系统软件公司有：

1. 贵州壹玖软件：该公司是一家专注于档案数字化加工、数字化平台建设、数字化管理方案解决的服务型公司，主要服务于各大企事业单位、行政单位等。
2. 贵州冠林科技：该公司是一家专业从事智慧档案、智慧图书馆软件系统开发、销售及档案数字化加工的高科技企业，拥有自主知识产权的档案数字化处理系统。

建议根据实际需要选择合适的公司进行咨询。