档案管理系统合同通常包括以下主要条款：

1. 合同双方：包括甲方和乙方的具体信息。
2. 项目描述：详细说明合同中要开发的档案管理系统的功能和特点。
3. 系统价格和付款方式：此部分列出了合同的总金额和付款方式，包括预付款和完成的合同付款。
4. 交付日期：明确系统开发完成并交付的时间。
5. 合同变更：可能会包括对未来可能变更的约定的条款。
6. 知识产权：明确谁将拥有什么类型的知识产权，这通常对软件许可协议很重要。
7. 系统测试：合同应明确系统测试是在合同完成后由合同另一方（可能是甲方）进行的。
8. 违约：如果一方违反合同，应明确如何解决。
9. 合同效力：明确合同何时生效，以及何时终止。
10. 其他特殊条款：根据具体的项目需求和情况，可能会添加其他特殊条款。

在签订这样的合同之前，双方应仔细阅读所有条款，并确保理解所有细节。如果有任何疑问或问题，应该与对方协商并达成一致意见。一旦签订了合同，双方都应该遵守合同条款，以保证项目的顺利进行。